Kogoro raggiunge Nagano insieme a Conan, Amuro e Kanenori Wakita per indagare su un suicidio avvenuto in una chiesa sconsacrata. All'arrivo, il gruppo incontra altre persone convocate misteriosamente da un mittente anonimo. La situazione degenera rapidamente: le auto vengono sabotate e un'improvvisa valanga isola la struttura, impedendo agli ispettori Yamato e Morofushi di intervenire fino al mattino seguente. Intrappolati nell'edificio, i presenti iniziano a collaborare per decifrare un complesso codice legato alla tragedia del passato. Dopo essersi divisi in gruppi per perlustrare le navate, l'orrore colpisce ancora: uno dei partecipanti viene rinvenuto senza vita all'interno dei bagni, colpito a morte in fronte da una freccia. Conan e i due "apprendisti" di Kogoro iniziano a indagare, sospettando che tra loro si celi Rum.