Heiji e Kazuha giungono a Tokyo per incontrare un investigatore, ma cadono in un'imboscata e vengono segregati nella soffitta di un’avvocatessa. La donna intende costringere Heiji a decifrare un codice numerico, unica chiave per recuperare una cassetta di sicurezza contenente prove schiaccianti contro di lei. Preoccupati dal loro mancato arrivo, Ran e Conan iniziano a perlustrare la città seguendo le tracce degli amici. Heiji risolve l'enigma, ma intuendo che la donna li ucciderà non appena ottenuto il codice, decide di manipolare la soluzione per inviare un messaggio d'aiuto cifrato a Conan, sperando che il piccolo detective riesca a localizzare il loro nascondiglio in tempo.