La Squadra dei Giovani Detective decide di indagare sulla misteriosa sparizione di un dipendente della biblioteca cittadina. Conan, sospettando che il direttore dell'istituto nasconda un segreto terribile, guida i suoi amici in una rischiosa esplorazione notturna tra gli scaffali. Dopo una serie di pericolosi inseguimenti nei corridoi bui, i piccoli detective riescono a scoprire il cadavere della vittima e a incastrare il colpevole. Risolto il caso, Conan tenta nuovamente di utilizzare il liquore cinese di Heiji per tornare adulto, ma il Professor Agasa deve dargli una notizia scoraggiante: il suo organismo ha già sviluppato gli anticorpi contro quel principio attivo, rendendo la bevanda del tutto inefficace per trasformazioni future.